Once Caldas

Sinh ra tại Cali, Estupiñán bắt đầu sự nghiệp tại câu lạc bộ Once Caldas. Anh ra mắt tại Categoría Primera A vào ngày 16 tháng 5 năm 2015, trong trận hòa 2–2 trước Uniautónoma, khi vào sân thay cho Sebastián Penco ở phút thứ 77,[5] và ghi bàn thắng duy nhất trong mùa giải vào ngày 26 tháng 9, trong trận hòa 1–1 trước Envigado.

Estupiñán ghi được 13 bàn thắng trong mùa giải 2016, bao gồm một cú đúp vào ngày 13 tháng 2 trong chiến thắng 4–0 trên sân nhà trước Jaguares de Córdoba.[6]

Vitória de Guimarães

Vào ngày 5 tháng 6 năm 2017, Estupiñán trở thành tân binh đầu tiên của Vitória de Guimarães trong mùa hè, bằng một bản hợp đồng với mức phí không được tiết lộ.[7] Anh ra mắt vào ngày 6 tháng 8, trong trận thua 3–1 trước S.L. Benfica tại Siêu cúp Bồ Đào Nha, vào sân thay cho Paolo Hurtado trong vòng 9 phút cuối.[8] Mùa giải đầu tiên của anh được chia thành hai đội, 1 đội thi đấu tại Giải bóng đá Ngoại hạng Bồ Đào Nha và đội dự bị thi đấu tại giải hạng 2; bàn thắng duy nhất của anh trong mùa giải cho đội bóng cũ là vào ngày 5 tháng 5 năm 2018 để ấn định chiến thắng 4–1 trước C.D. Tondela, trong vòng một phút sau khi vào sân từ ghế dự bị.[9]

Ra sân 14 trận và ghi 1 bàn thắng trong 18 tháng tại Vitória, Estupiñán trở lại Nam Mỹ vào tháng 1 năm 2019 và gia nhập Barcelona S.C. theo dạng cho mượn.[10] Vào tháng 7 năm đó, anh được cho mượn tại Denizlispor cho mùa giải Süper Lig.[11]

Khi trở lại Vitória, Estupiñán trở thành sự lựa chọn số 1 ở vị trí tiền đạo, thay thế cho người tiền nhiệm Bruno Duarte. Ở mùa giải 2021–22, tân huấn luyện vien trưởng Pepa đã thử họ ở vị trí song song.[12] Với 15 bàn sau 28 trận, anh đứng thứ 5 trong số những cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất giải đấu.[13]

Hull City

Vào ngày 13 tháng 7 năm 2022, Estupiñán ký hợp đồng 3 năm với Hull City.[14] Anh ra mắt cho đội bóng vào ngày 30 tháng 7, trong chiến thắng 2-1 trên sân nhà trước Bristol City.[15] Anh mở tài khoản khi ghi cả hai bàn thắng trong chiến thắng 2-1 trên sân nhà trước Norwich City vào ngày 13 tháng 8.[16] Hai tuần sau, Estupiñán lập hat-trick trong chiến thắng 3–2 trên sân nhà trước Coventry City.[17] Vào ngày 13 tháng 9, Estupiñán đã được trao giải Cầu thủ xuất sắc nhất tháng 8, khi ghi được 7 bàn thắng.[18]

Cho mượn tại Metz

Vào ngày 1 tháng 9 năm 2023, Estupiñán chuyển đến câu lạc bộ Metz theo dạng cho mượn đến hết mùa.[19]